Der Bundeskongress ist das höchste Organ der JEF Deutschland. Einmal im Jahr tagen seine Delegierten, um Wahlen durchzuführen und die politischen Leitlinien zu diskutieren und zu beschließen. Jeder Landesverband hat zwischen 2 und 33 Delegierten. Die Anzahl der Delegierten hängt von der Mitgliederzahl ab. Derzeit ist Bayern der größte und Bremen, Sachsen und Thüringen sind die kleinsten aktiven Landesverbände in Deutschland.

• Bericht vom 59. Bundeskongress 2012 in Saarbrücken
• Informationen und Beschlüsse zum 58. Bundeskongress 2011 in Kiel
• Informationen und Beschlüsse zum 57. Bundeskongress 2010 in Berlin