Der Bundeskongress ist das höchste Organ der JEF Deutschland. Einmal im Jahr tagen seine Delegierten, um Wahlen durchzuführen und die politischen Leitlinien zu diskutieren und zu beschließen. Der letzte Bundeskongress fand 2011 in Kiel statt.

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Der Bundesvorstand der JEF-Deutschland arbeitet ehrenamtlich. Er wird alle zwei Jahre auf dem Bundeskongress gewählt. Die Mitglieder repräsentieren den Verband nach außen, koordinieren ihn, führen Bundesprojekte durch und geben das Mitgliedermagazin (gedruckt / online) heraus. Außerdem gestalten sie die politische Ausrichtung der JEF. Alle Aktionen werden mit den Landesverbänden abgesprochen. Der aktuelle Vorstand unter Lars Becker wurde im Oktober 2010 gewählt.

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Der Bundesausschuss ist die Vertretung der Landesverbände auf Bundesebene. Jeder anerkannte Landesverband hat zwei gewählte Vertreter mit je einer Stimme im BA.

Der BA kommt mindestens 4 Mal im Jahr zusammen. Er kontrolliert den Bundesvorstand, beschließt zwischen den Bundeskongressen die politischen und verbandspolitischen Leitlinien und sorgt für den notwendigen Austausch unter den Landesverbänden.

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Arbeitsgemeinschaften arbeiten verbandsübergreifend an politischen Positionen der JEF zu verschiedenen Themenfeldern. Sie arbeiten im wesentlichen virtuell, das heißt unter Einsatz Neuer Medien. AGs werden in der Regel durch Beschluss des Bundesvorstand eingerichtet und aufgelöst. Der Bundesvorstand beantwortet Fragen gerne und hilft den Sprechern auch bei organisatorischen Fragen.

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